例析:特殊性税务处理中的重复征税

X公司自Y公司手中收购凯风公司股权，Y公司持有凯风公司股权的公允价值10000万元，计税基础6000万元。X公司通过定向增发，以公允价值10000万元的本公司股票给Y公司支付收购对价。重组完成后，Y公司以12 000万元的价格转让X公司股权，X公司以13 000万元的价格转让凯风公司股权。

该项股权收购业务，如果适用一般性税务处理规定进行企业所得税处理，Y公司在股权收购当期确认转让凯风公司股权的所得4000万元(10000-6000)，取得X公司股权，以公允价值 10 000 万元作为计税基础；重组后 Y公司转让X公司股权，确认股权转让所得2 000万元(12 000-10000)。重组中X公司取得凯风公司的股权，以公允价值 10 000 万元作为计税基础；重组后X公司转让凯风公司股权，确认股权转让所得3000 万元(13 000-10 000)。X公司和Y公司在股权收购当期和收购以后，累计确认的应税所得为 9000 万元(4 000+2 000+ 3 000)。

该项股权收购业务，如果选择特殊性税务处理规定进行企业所得税处理，Y公司在股权收购当期不确认转让凯风公司股权的所得，取得X公司股权，以原持有凯风公司股权的计税基础6000万元作为计税基础；重组后Y公司转让X公司股权，确认股权转让所得6000万元(12000-6 000)。重组中X公司取得凯风公司的股权，以该项股权的原计税基础6000万元作为计税基础；重组后X公司转让凯风公司股权，确认股权转让所得7000万元(13 000-6000)。X公司和Y公司在股权收购当期和收购以后，累计确认的应税所得为 13 000万元(0+6000+7000)。

该项股权收购业务，如果适用一般性税务处理规定进行企业所得税处理，X公司和Y公司在股权收购当期和收购以后，累计确认的应税所得为 9 000 万元。如果选择特殊性税务处理规定进行企业所得税处理，X公司和Y公司在股权收购当期和收购以后，累计确认的应税所得为 13 000 万元。选择特殊性税务处理规定比适用一般性税务处理规定，应税所得增加4000万元。

多出的这4000万元是为什么呢？实际是因为特殊性税务处理中的Y公司公允价与计税基础的差额部分4000万元，既在Y公司转让X公司股权时体现，也在X公司转让凯风公司股权时，其计税基础因为特殊性税务处理而再次被抵减体现，因而造成重复征税。