为什么分公司会被要求独立申报纳税?

一、关于汇总纳税的通俗理解

按照国家税务总局2012年57号公告的规定，在中国境内跨省级行政区域设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为跨地区经营汇总纳税企业。在年度终了后，总机构统一计算汇总纳税企业的年度应纳税所得额、应纳所得税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补。

具体来说就是，汇算清缴时总机构统一计算出整个企业（包含分支机构）应纳所得税额后，由总分支机构之间先按50%各分一半，然后分支机构之间再根据经营收入、职工工资和资产总额三因素计算比例分配50%应纳所得税额。

由于在之前预缴阶段，也是分别按50%在总部和分支机构预缴，因此汇算清缴阶段实际上是按照上述税款分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税应缴应退税款，分别由总机构和分支机构就地办理税款缴库或退库。

二、政策存在的争议之处

任何一个政策往往有它的局限性，这个汇总纳税政策也一样。有些特殊情形下，可能会导致在总分支机构税额分配的不合理。

（一）税收与总部经济

案例1 公司总部在北京，在各省有分公司。可能企业所有的生产经营活动都在分公司进行，北京总部却分走了50%的所得税。这就是为什么各地希望招商引进公司总部的原因，也只有这个办法能解决这个问题。

（二）独立纳税与事业部

案例2 公司总部在北京，另外在重庆设置分公司一家。重庆分公司可能只完成总公司不到10%的业绩，却会分走50%的所得税。这个是总部税务机关不愿意看到的。解决这一问题，最简单粗暴的方法就是，让分公司在当地独立申报纳税。

另一种办法是总机构设立具有主体生产经营职能的部门。 

这种具有主体生产经营职能的部门包括事业部、工程承包部、经营管理部等。只要该部门的营业收入、职工薪酬和资产总额与管理职能部门分开核算的（不是独立核算），可将该部门视同一个二级分支机构，按57号文件规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。

案例2中的北京总部除了在第一次分配中取得50%所得税额外，在第二轮分支机构间分配时，通过将总部业务纳入事业部等职能部门，从而有机会将大多数税额分回北京总部。

三、分支机构能否在当地独立汇算清缴和它是否独立核算无关

分支机构是否独立核算，只是会计核算办法，不影响企业所得税汇总缴纳的规定。以2008年开始实施的《企业所得税法》为标志，2008年之前企业所得税纳税人是独立核算的经济组织，而2008年之后企业所得税的纳税人是具有法人资格的经济组织，甚至目前的所得税法规很少提“独立核算”。